Ha entrenado a clubes como el CD Utrera, el Atlético Dos Hermanas o La Liara Balompié
Esta semana, el presidente del refundado Dos Hermanas CF, Joaquín Morales Domínguez, ha dado un nuevo paso de gigantes en la planificación deportiva del club nazareno, y ha llegado a un acuerdo con Francisco Javier Montoya González para que sea el entrenador del primer equipo la próxima temporada.
Francisco Javier ha ejercido como entrenador en diferentes categorías del C.D. Utrera, y como 2° entrenador en dicho club en 3ª división. También ha pasado por el Atco. Dos Hermanas, en el cual consiguió un ascenso. Por último, ha entrenado a la Liara Balompié de Los Palacios y Villafranca.
